Zu seinen Forschungsgebieten gehören unter anderem die Insektenkunde und Nützlings-Schädlingsinteraktionen. Seine Aufgabe am JKI liegt auch in der Entwicklung von Pflanzenschutz-Konzepten im Ökologischen Landbau.
Kühne sieht einen Teil der Verantwortung beim Verbraucher: Wenn die Kunden immer nur tadellos aussehendes Obst und Gemüse kaufen wollten, seien für den Anbau viel mehr Pestizide nötig als bei Produkten mit kleinen Schönheitsfehlern.